Uratowany z getta przez polską rodzinę Marian, zgodnie z ostatnim życzeniem biologicznej matki, wstępuje do seminarium, by wkrótce podjąć pracę w małej parafii. Sprawy wiary Marian traktuje niezwykle poważnie, z obrzydzeniem i przerażeniem obserwując grzeszne obyczaje prowincjonalnego kościoła. Ucieka zatem na KUL, gdzie podejmuje studia filozoficzne. Doktorat robi na stypendium w Paryżu, zostaje jednak zmuszony do powrotu przez niesłuszne podejrzenia o złamanie celibatu.
W domu mama Mariana zdradza mu skrywaną dotychczas tajemnicę o jego żydowskim pochodzeniu. Wstrząśnięty ksiądz próbuje odszukać swoją rodzinę, w czym pomagają mu zaprzyjaźnione zakonnice. Jednocześnie stara się odnaleźć w meandrach jego złożonej tożsamości, która obejmuje teraz zarówno wiarę katolicką, jak i judaizm, polskość i żydowskość, rodzinę, która go wychowała i tę, którą odebrała mu wojna. Przyjmuje więc drugie imię – Jakub – na cześć ojca, którego nigdy nie było dane mu poznać, po czym wyrusza w podróż do Izraela, gdzie spotyka swoich żydowskich krewnych. W akcie będącym nie tyle prowokacją, ile raczej szczerą, idealistyczną próbą zniesienia podziałów, Marian Jakub zaczyna nosić jednocześnie koloratkę i kipę. Spotyka się to z dezaprobatą zarówno Ojca Rektora, jak i żydowskiej wspólnoty, w której mieszkają usiłujący nawiązać kontakt z wiarą przodków członkowie diaspory. Jakub nie może odnaleźć miejsca dla siebie ani w kibucu, ani we wspólnocie Żydów dla Jezusa, lądując w końcu w Archiwum Yad Vashem – choć i to, jak mówi, może być tylko „ładny spacer”.
Tadeusz Słobodzianek zadedykował Historię Jakuba Romualdowi Jakubowi Wekslerowi-Waszkinelowi, którego tragiczne losy galopem prowadzą widza przez opartą na faktach, skomplikowaną opowieść o życiu księdza-Żyda. Migawki rozmów, najważniejszych wydarzeń, rozterek i konfliktów pozwalają Słobodziankowi nie tyle pomieścić w dramacie jak najwięcej informacji, ile raczej w niezwykle zniuansowany sposób przedstawić złożony problem polsko-żydowskich relacji, historii i tożsamości. Sprawę komplikują tu zarówno kwestie religijne, instytucjonalne (kościół katolicki), jak i polityczne (władze ludowe i bezustannie węszące wokół bohaterów dramatu służby). Jakub w obliczu tych rozdzierających go sił, mimo następujących jedno po drugim rozczarowań, pozostaje bezkompromisowy w kwestii wiary i moralności, konfrontując się również ze swoją ambiwalentną tożsamością. Wokół postaci Jakuba, jak i w jego wnętrzu gromadzą się i zbiegają najistotniejsze wątki polsko-żydowskiej, dwudziestowiecznej historii. Tymczasem bohater wytycza w tym gąszczu coraz bardziej absurdalnego świata własną, niezłomną ścieżkę:
"wiem kim jestem
człowiekiem,
który scali
to wszystko
to moja historia".